【摘 要】
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珊瑚菜(Glehnia littoralis)又名北沙参,是一种常用药食同源植物.现珊瑚菜野生种群十分稀缺,是国家二级保护植物之一.本研究通过MISA软件对珊瑚菜转录组78 828条Unigenes中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息进行挖掘与分析,共鉴定出14 421个SSR位点,SSR发生频率为15.43％.珊瑚菜转录组SSR位点的种类从单碱基到六碱基重复均有分布,主要重复类型是单核苷酸和双核苷酸,分别占SSR总数的39.98％和40.98％.SSR位点的最
【机 构】
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江苏省中国科学院植物研究所,南京,210014;江苏省中国科学院植物研究所,南京,210014;江苏省农业种质资源保护与利用平台,南京,210014
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珊瑚菜(Glehnia littoralis)又名北沙参,是一种常用药食同源植物.现珊瑚菜野生种群十分稀缺,是国家二级保护植物之一.本研究通过MISA软件对珊瑚菜转录组78 828条Unigenes中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息进行挖掘与分析,共鉴定出14 421个SSR位点,SSR发生频率为15.43％.珊瑚菜转录组SSR位点的种类从单碱基到六碱基重复均有分布,主要重复类型是单核苷酸和双核苷酸,分别占SSR总数的39.98％和40.98％.SSR位点的最小重复次数分布为5次,最大重复次数分布为24次,6和10次是SSR位点数量最多的重复次数,分别有3 102和2 672个,分别占总SSR数目的21.51％和18.53％.利用引物设计软件Primer 6.0软件,共设计出2 894对引物.随机筛选出20对引物进行扩增验证,有12对引物扩增出片段.本研究结果表明珊瑚菜转录组SSR位点出现频率与密度较高且重复类型丰富,可为珊瑚菜遗传图谱的建立、遗传多样性的分析、物种的鉴定和育种等研究提供技术依据.
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