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基于解决传统舰船测磁仪信号采集电路不能获得真实三分量磁场信号、电路结构复杂且故障率高，不能实时准确获得探头深度等问题。设计了一个用于舰船测磁仪上的信号采集电路。利用高灵敏度三轴磁通门传感器Mag-03获取舰船磁场信号，用谐波选择法获得的感应电动势的二次谐波分量来度量磁场信号，同时根据舰船测磁实际需求设计了深度传感器。应用环境下，本系统可以使舰船测磁仪达到0～±60μT的测量精度，并误差≯1％。通过实际使用，证明这样设计出的信号采集电路使便携式测磁仪变得更加简单有效。