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目的
利用生物信息学方法对公共基因数据库微阵列表达谱进行分析,确定条件性恐惧记忆的关键基因。
方法从Gene Expression Omnibus(GEO)下载GSE57465微阵列数据,数据分为对照组和实验组(FC_0.5 h组和FC_2 h组)。在R软件中通过分位数法对原始数据进行标准化,然后通过芯片数据平台的注释包(illuminaMousev2.db)将探针名称转换为基因名。选用Limma方法筛选对照组和实验组之间的差异表达基因,差异表达基因纳入标准:Padj<0.05,差异倍数>1.5。之后对差异表达基因进行聚类分析,以及GO和KEGG富集分析。构建差异表达基因所翻译的蛋白质之间相互作用(protein-protein interactions,PPI)网络,并选取网络中包含枢纽蛋白的网络模块进行分析,确定网络中的相关枢纽蛋白。
结果初步筛选了47个差异表达基因,其中FC_0.5 h组含有36个差异表达基因;FC_2 h组含有11个差异表达基因。GO和KEGG分析提示差异表达基因主要富集于核糖体,参与核糖体内蛋白合成的信号通路,同时也发挥着正调控RNA聚合酶II启动子转录和翻译的生物学作用。PPI网络分析发现Egr2,Fos,Sgk1三个蛋白质的表达水平显著升高,并在网络中发挥枢纽蛋白的作用。
结论Egr2,Fos,Sgk1可能在条件性恐惧记忆的形成中起重要作用。