2000年，陈水扁当选“总统”后，陈水扁希望施明德接任民进党主席，或筹组“国会”多数联盟竞选“立法院长”，或等辜振甫辞职后接海基会董事长，施明德都没有接受。
　　2000年，施明德因政治理念与以陈水扁为首的当权派不合而退出民进党。2001年、2004年，施明德两度以独立候选人身分参加“立法委员”选举，两度落选；2002年，参选高雄市长，又再度落选。
　　
　　良心
　　
　　施明德在台湾政界，被视为先知，他提倡的主张总早于他的时代。所以，他才会饱受独裁者的压迫和无知民众的羞辱。
　　施明德主张的“金马非军事区化”、“内阁制”等都领先其时代。所以，也导致了他在实际政治权力中的孤单。
　　施明德一直把在历史中的地位视为人生最大的价值，他也一直为此努力着。因此，他在台湾社会赢得尊重。他常常引用一个历史故事来诠释他的人生哲学：苏武牧羊十九年，有羊肉可吃羊奶可喝，有番女可谈情说爱、生儿育女，他已流传千古。施明德说：“现代很多人都知道苏武这个人，也都听过这个故事，但是却不知道当时在任的皇帝是谁。其实当时在任的皇帝正是赫赫有名的汉武帝。所以百年之后大家来看历史，是跟现在人不一样的。我二十五年苦牢，什么都没有，百年之后，现在的权势者都淹没，我一定还会存活！”
　　施明德提到，他这一生有三次面临死亡的威胁：
　　第一次是1970年的台东泰源监狱武装起义事件，在这事件中有五名政治犯被枪决，他原本也在被枪决之列。
　　第二次是1979年的美丽岛事件，他本来应被判死刑，但在一些人士的奔走下，后来改判无期徒刑，当时他也写过遗书。
　　第三次是这次的百万人民反贪腐运动。他说：“因为这次是要扳倒台湾最有权势的人，而且周遭分享他利益的人有这么多！”
　　
　　施明德创造了台湾有史以来第一次不分族群不分党派的群众运动。他明言这次的反贪腐运动：“不是陈水扁倒，就是我亡” 、“一旦坐下去，绝不轻易站起来”，誓言将“总统府”前的静坐示威抗议进行到底。在施明德表示决心之后，陈水扁也不甘示弱地声明：“要用性命扛起台湾的十字架”、“ 绝不下台”，仍然坚定地要继续完成剩余的两年总统任期。
　　在扑朔迷离、利益纠结的台湾政治环境里，要准确预言陈水扁是否会被民众赶下台是件相当困难的事。一般舆论只会让民众看见比较有利的一面，却忽视了对陈水扁有利的地方，许多民众天真地以为这次活动必让陈水扁下台无疑。其实只要细心观察台湾政治、法律和目前的局势，就会发现推倒陈水扁的难度相当大，除非他主动“投降”而引咎辞职。
　　事实上，要陈水扁下台只能通过三种途径 ：罢免、弹劾、辞职。“罢免”已经失败；“弹劾”必须有个先决条件：“总统”犯有“内乱外患罪”，其程序与罢免类似，因此即使启动，也极难通过；至于“辞职”……以陈水扁目前的无耻程度来说，根本是天方夜谭。
　　扳不倒陈水扁，施明德的倒扁行动仍然具有重大意义。他的反贪腐号召力量，极大地震慑了陈水扁，令其以后再不敢贪渎、胡作非为，且对未来的“领导人”也是个巨大威慑和警示。
　　施明德的“站出来就不会退缩，和平非暴力的耐力战”的意志很坚定。这次在这么多过去的党内朋友接近歇斯底里的污蔑中，施明德在遭受强大打击之余，对自己的分际与角色还是掌握得相当清楚。
　　倒扁没有回头路，这样的坚决显得悲壮，但也再次让人看到充满浪漫革命情怀的施明德。