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神经系统特异性基因正确的时空表达受细胞内外信号的调控，信号传导途径最终的靶位点是能结合特异转录因子的DNA序列.目前发现的决定神经系统基因特异性表达的顺式作用元件既有增强子，也有沉默子.它们可以特异性地增强基因在神经系统的表达，或特异性抑制基因在非神经系统的表达.顺式元件要发挥这些作用，依赖于与其结合的反式因子，而这些反式因子又能与其他蛋白质或DNA序列发生互动，通过协调作用，共同决定基因的时空表达顺序.