六神丸具有清热解毒、消肿止痛等功效，常用于咽喉肿痛、扁桃体炎、口舌糜烂、牙周炎及痈疽疮疖、无名肿痛等病症。但需注意的是，六神丸并不是所有人都可服用，下列六种情况则不宜使用。
　　一、孕妇不宜：六神丸含麝香和雄黄等成分。麝香能引起子宫收缩，会引起流产或早产；孕妇亦忌雄黄，故孕妇禁用六神丸。
　　二、婴儿不宜：六神丸含有蟾酥，其有效成分为蟾毒素等，一次服过量即可引起中毒，故两岁以下的婴儿应慎用，新生儿禁用。
　　三、不宜与地高辛合用：因心衰或房颤服地高辛的心脏病患者应忌服六神丸。因为二者合用可导致地高辛样中毒，引起心律失常。
　　四、不宜与消化酶合用：六神丸有抑制消化酶的作用，因此不宜与助消化药多酶片、胃蛋白酶及淀粉酶合用，否则会使消化酶的疗效降低或失效。
　　五、不宜与阿托品合用：六神丸不宜与硫酸盐同服（硫酸阿托品、硫酸亚铁等），因为硫酸盐会促使雄黄中的硫化砷氧化，增加雄黄的毒性反应。
　　六、不宜与华素片合用：华素片中含有碘分子，含碘的华素片与含朱砂的六神丸同服时，因朱砂中的二价汞能与碘结合，形成碘化汞类有毒汞盐沉淀，而导致药物性肠炎。
　　此外，由于六神丸性香燥，易败胃，故凡脾胃不足、身体虚弱者应慎用或禁用。对本品过敏者忌用。