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怒江峡谷特殊的自然地理环境和立体气候,孕育出种类丰富的植物资源,新老、珍稀、孑遗和特有种兼备。有维管束植物185科878属3138种(包括亚种和变种),其中蕨类植物41科101属374种,裸子植物5科12属22种,被子植物139科765属2742种。峡谷区科属种分类分别占云南同类植物的56.74％、40.46％和20.79％,占横断山区的84.47％、59.95％和36.66％;植物区系成分复杂多样,各类热带分布属(不含世界分布,下同)352个,占峡谷区总属数的45.30％;各类温带分布属346个,