【摘 要】
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目的 分析鼻咽癌(NPC)基因表达谱的免疫细胞浸润特征及临床意义.方法 首先从基因表达数据集(GEO)下载NPC基因表达谱数据,并利用肿瘤免疫细胞浸润分析软件CIBERSORT的R软件包
【机 构】
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蚌埠医学院第一附属医院耳鼻喉科,安徽蚌埠233030;蚌埠医学院组织移植安徽省重点实验室,安徽蚌埠233030;蚌埠医学院人体解剖学教研室,安徽蚌埠233030
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目的 分析鼻咽癌(NPC)基因表达谱的免疫细胞浸润特征及临床意义.方法 首先从基因表达数据集(GEO)下载NPC基因表达谱数据,并利用肿瘤免疫细胞浸润分析软件CIBERSORT的R软件包分析NPC中22种免疫细胞的浸润情况;其次,利用GE02R筛选差异基因,并通过R Studio对差异基因进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;然后再分别利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用(PPI)网络图以及Cytoscape软件的Degree算法筛选关键基因;最后分析关键基因在NPC中的表达和临床意义以及与免疫细胞之间的关系.结果 NPC中MO型巨噬细胞、M1型巨噬细胞和γδT细胞等表达水平虽有增高,但差异不显著;而B记忆细胞和静息CD4+T记忆细胞表达减少,且差异显著.NPC中单核细胞与嗜酸性粒细胞(r =0.99)、浆细胞与调节性T细胞(r =0.88)、活化的肥大细胞与活化的树突状细胞(r=0.75)等呈正相关,而Ml型巨噬细胞与B记忆细胞(r=-0.71)和活化的CD4+T记忆细胞(r=-0.63)呈负相关.此外,NPC差异基因的GO主要富集在与纤毛运动有关的功能上,KEGG主要富集在与细胞色素P450有关的通路上;卷曲螺旋结构域39(CCDC39)是NPC的关键基因,在NPC中高表达,且有利于患者的预后,而B记忆细胞的低表达不利于患者的预后.结论 NPC微环境中分布大量免疫细胞,不同类型免疫细胞的表达有差异,但以B记忆细胞对NPC患者的预后影响最显著.
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