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对高光谱遥感影像中运动云层对波段配准的影响进行了分析,结合灰度拉伸和形态学空间运算提出了一种新的在影像有云条件下高光谱影像多波段配准算法。结合算法设计了较为稳定的多波段配准方案;利用Python编程开发实现了原型系统,并将原型系统在珠海一号高光谱卫星数据上进行了实验。结果表明,系统具有良好的效果。