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目的
分析海南省汉族人群中丙型肝炎病毒(hepatitis C virus, HCV)基因型分布及遗传进化史,了解HCV的分子流行病学和进化动力学特征。
方法收集2014年1月至2018年10月海南省773例汉族HCV感染者的血清样本,从中提取HCV RNA,进行反转录套式聚合酶链反应扩增核心蛋白-包膜蛋白E1区并测定其核酸序列,选择相应的序列行系统发育分析,获得基因型分型情况,最后运用贝叶斯进化分析软件(BEAST软件)行贝叶斯轮廓图(Bayesian skyline plots,BSP)分析。
结果773例HCV感染者共分离出6个基因型,分别是1a型44例(5.7%),1b型295例(38.2%),2a型32例(4.1%),3a型49例(6.3%),3b型106例(13.7%),6a型247例(32.0%)。BSP曲线图表明,6a型快速增长期是2007年至2012年,3b型快速增长期是2014年10月至2015年4月和2016年6月至2017年3月,3a型快速增长期是2013年3月至2014年3月和2016年2月至2017年,1b型快速增长期是2008年至2015年。
结论海南省汉族的HCV基因型组成与其他省份主要流行基因型基本一致,其生长史与其他省份有明显差异,可能与海南岛独特的地理位置、亚型传播来源多样性、静脉药瘾,以及大量外地人员短期内的迁入等因素有关。