【摘 要】
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在序列拼接中，为了解决重复序列这个难题，本文提出了利用KMP匹配算法来识别并屏蔽重复序列的方法．该方法利用模式序列中的失效函数计算得到失效链接值，也就是当前一位置匹配失败
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（70271069）资助.
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在序列拼接中，为了解决重复序列这个难题，本文提出了利用KMP匹配算法来识别并屏蔽重复序列的方法．该方法利用模式序列中的失效函数计算得到失效链接值，也就是当前一位置匹配失败后，下一次匹配开始的位置．利用这一函数避免了可预见的无用搜索，将穷举搜索算法所需的计算量大大减少．通过计算机模拟，验证了对重复序列的屏蔽，该算法将穷举算法所需时间复杂度由原来的减少到了．
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