【摘 要】
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随着测序技术的发展,三代测序已广泛应用于基因研究中。但是,由于三代测序序列具有平均长度长、错误率高的特性,如何快速、准确地将测序片段比对到参考基因组上成为严峻挑战
【机 构】
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中国科学技术大学计算机科学与技术学院,安徽省高性能计算重点实验室
【基金项目】
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国家自然科学基金(61672480).
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随着测序技术的发展,三代测序已广泛应用于基因研究中。但是,由于三代测序序列具有平均长度长、错误率高的特性,如何快速、准确地将测序片段比对到参考基因组上成为严峻挑战。现有方法使用种子(从测序片段中挑选的短序列)来加速比对过程,但在挑选时未考虑频率特性,导致定位候选区域阶段时间消耗较大。因此,提出了一种基于低频种子的三代测序序列比对方法,该方法采用种子投票策略,使用低频种子进行投票,减少投票计数的时间消耗,并根据位置及票数关系对候选区域进行再过滤,进一步提高比对速度。实验结果表明,在确保敏感性和准确率的同时,
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