为了调查四川卧龙自然保护区内野生动物肠道寄生虫的感染情况,笔者采集境内野生动物(包括大熊猫在内的12种动物)粪便样品共75份,采用饱和盐水漂浮法和沉淀法镜检,同时基于SSU rRNA序列的PCR扩增方法检测芽囊原虫.调查结果表明,保护区内12种野生动物的寄生虫总感染率为48.0％(36/75),感染的寄生虫种类有线虫、绦虫、芽囊原虫、吸虫、螨虫、球虫、滴虫,其中线虫阳性率最高,为30.7％(23/75);PCR检测发现水鹿、中华斑羚、毛冠鹿、中华鬣羚和林麝感染芽囊原虫,感染率为12.0％(9/75);序列比对分析表明,9份芽囊原虫来源于5个基因亚型,分别为ST1(1)、ST5(2)、ST13(2)、ST14(3)、芽囊原虫属(1),其中ST1、ST5为人兽共患亚型.据笔者所知,这是关于水鹿、毛冠鹿感染芽囊原虫的首次报道.本调查显示四川卧龙自然保护区内野生动物感染肠道寄生虫的情况较为普遍,且存在人兽共患芽囊原虫亚型感染的风险.