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当前部门预算编制中存在的问题有：现行预算科目设置不合理；预算支出标准不合理，经常性与非经常性支出范围不清；零基预算与法定支出和规定有矛盾；机构改革尚未到位；编制时间太迟。公共投资预算改革的难点是：市场经济尚未真正建立；公共财政基本框架尚处于构建之中；行政机构改革和事业单位精简尚未取得正进展；既得利益与预期利益的矛盾；法治化建设滞后的影响。编制部门预算将会推动我国现行财政基本建设支出预算的改革；编制部门预算要求改革我国现行财政投资管理制度，克服财政投资领域中存在的低效、浪费和腐败现象。