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目的 为了解广东省常见食源性致病菌沙门菌和金黄色葡萄球菌（金葡菌）的遗传物质多态性特征，探索其鉴定及溯源方法。方法运用自动化核糖体基因分型系统，用EcoRⅠ酶或PvuⅡ酶，对广东省分离的沙门菌和金葡菌进行分子分型研究。应用BioNumerics软件比对不同来源、时间和地点的分离株，分析菌株间的相关性。结果使用PvuⅡ酶对32株沙门菌酶切，分为19个核糖体型，使用EcoRⅠ酶对14株沙门菌酶切，分为2个核糖体型。使用EcoRⅠ酶对49株金葡菌酶切，分为31个核糖体型，表现出较大的遗传多样性。结论 自动化核糖体基因分型能有效鉴定沙门菌和金葡菌。沙门菌血清分型与Ribotyping分型无高度相关性，但两者结合，能更有效鉴定菌株间的亲缘关系，确定食物中毒的来源和传染途径。