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[目的]通过筛选大鼠骨髓间充质干细胞（mesenchymal stem cells,MSCs）与透明软骨细胞及弹性软骨细胞的差异表达基因,为进一步筛选可诱导MSCs向透明软骨细胞分化的生长因子打下基础。[方法]分离获得所需MSCs、弹性软骨细胞和透明软骨组织,提取细胞和组织块的总RNA并纯化。获得经荧光标记的cDNA,与基因芯片杂交后扫描荧光信号图像,对所获图像进行分析,找到差异表达基因。分析所获差异表达基因功能。[结果]以2倍差异显著性为标准,在两种软骨中共同上调的基因数为582条,而于透明软骨组中上调