1、防空心。芹菜空心是一种生理老化现象，先发生的部位是叶柄，慢慢从叶柄基部向上延伸，在同一植株上外叶先于内叶，由叶茎到第1叶间发生较早。芹菜发生空心，多发生在沙壤土地上，一般发生在植株生长的中后期。肥分不足或后期脱肥时也易发生，产品过熟或久藏失水，喷施赤霉素等，土壤干旱或温度过高、过低，芹菜受冻也可发生空心。尤其是西芹，因其自身不耐寒，大棚生产若气温在0℃以下易诱发空心。生产中防止芹菜出现空心，栽培时应选择非沙性土壤栽培，底肥应多施腐熟的有机肥，在生长发育过程中，应根据芹菜长势及时追肥，发现叶色浅、脱肥时，可喷施0.1％尿素水溶液2～3次。在栽培过程中要采取保温措施，确保安全越冬。
　　2、防叶柄开裂。芹菜叶柄开裂的原因：一是由于棚室土壤缺硼所引起。二是在低温干旱条件下，生长受阻所致。此外，突发性高温、多湿，植株吸水过多，造成组织快速充水，容易使叶柄开裂；同时，在低温、干旱条件下，由于生育受到严重抑制，也往往容易诱发开裂。为防止这一现象的发生，应进行正常的适温、适湿管理，特别是温室内生产芹菜，更应在冬春季注意加强保温措施；深耕土壤，多施有机肥。在栽植西芹时，可每亩用0.5～1千克硼砂作基肥，一旦发现轻微裂柄，可用0.2％～0.5％的硼砂溶液叶面喷雾。
　　3、防烧心。芹菜出现烧心症状，先是心叶叶脉间变褐，逐渐叶缘细胞坏死，呈黑褐色。在生育初期很少出现，多在10～12片真叶时开始发生。发病的原因主要是由缺钙引起的，在高温、干旱、施肥过多的条件下容易发生。高温能加快生育进度，促进植株对氨、磷、钾、镁等元素的过量吸收，从而影响对钙的吸收利用，而引发缺钙烧心现象。在干旱条件下，根系对钙的吸收能力下降，易引起缺钙，越是酸性土壤则发生越重。防治芹菜出现烧心，主要从管理人手，做到温度和湿度适宜，对酸性土壤要施入石灰中和土壤酸性，把土壤的酸碱度调到中性。发病初期，可喷洒0.5％硝酸钙水溶液。
　　4、防苦味。生产中很多农户习惯施用尿素来增加氮肥，这是非常错误的。芹菜施用尿素常使其纤维含量高，容易出现老化，再一个就是会产生苦味，降低食用价值。因此，棚室生产芹菜，应该用碳铵来代替尿素，既可提高芹菜的品质，又可降低地下害虫的发生，苗期一般每亩的施用量为10～15千克，生长期为每亩20～30千克，最好采用随水冲施的方法进行追肥。