活血化瘀中成药多源于中医经方验方,抗血栓疗效及安全性有据可循,但其配伍规律及作用机制尚不明确。本文结合中医传承辅助系统(V2.0)、IPA(ingenuity pathway analysis)等生物信息学方法,分析活血化瘀中成药的配伍规律和抗血栓作用机制。基于中医传承辅助系统分析活血化瘀中成药配伍规律,得到配伍最常用的3味中药:丹参(Salvia miltiorrhiza Bge.)、川芎(Ligusticum chuanxiong Hort.)和红花(Carthamustinctorius L.)。基于IPA分析上述3味活血化瘀中药活性成分抗血栓作用机制,得到25个单体和29个血栓相关分子的作用网络关系。29个分子中有23个分子与炎症反应有关,关系最密切的炎症分子为NOS2、PTGS2、IL-6、TNF和IL-1β。由此推测,含丹参、川芎和红花活血化瘀中成药抗血栓作用,主要与其抑制炎症反应有关。抑制炎症反应,尤其是抑制炎症相关分子NOS2、PTGS2、IL-6、TNF、IL-1β及相关通路,将成为阐明含丹参、川芎和红花活血化瘀中成药抗血栓作用一个新的切入点。