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微生物生态学是研究微生物在特定空间中的分布、组成、生理生化特征、功能、彼此间的关系及它们与环境间的相互关系的一门学科。微生物系统及其环境组成的具有一定结构和功能的开放系统统称为微生物生态系统。动物体内存在着大量的微生物种群，其中肠道是最大的菌库，这些微生物种群与动物肠道一起组成了在结构与功能上特异的肠道微生物生态系统。