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利用数据包络分析法（DEA）对1991—2003年我国国家自然科学基金面上项目的基金投入产出效率进行了分析。实证结果表明,采用技术进步作为衡量科学基金投入产出效率的指标,反映出我国自然科学基金面上项目的投入总体上是相对有效的,只是在投入规模上还需要进行调整,以提高规模效率,进而提高科学基金投入的总效率。