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目的：分析功能性消化不良患者应用褪黑素联合奥美拉唑治疗的临床疗效。方法：选择医院2014年3月～2015年6月收治的功能性消化不良患者114例，随机分为A组和B组，每组57例，A组患者给予奥美拉唑治疗，B组患者在A组基础上应用褪黑素，均治疗2个月，观察两组患者的临床治疗效果，对比治疗前后各症状评分。结果：治疗前，两组患者各症状评分差异无统计学意义（P＞0.05）；治疗后，A组患者各症状积分高于B组，临床治疗效果低于B组，差异具有统计学意义（P＜0.05）。结论：功能性消化不良应用褪黑素联合奥美拉唑治疗时，可有效改善患者的临床症状，促进患者康复，治疗效果良好。