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本文基于具有相似的拓扑结构的蛋白质复合物具有相似的生物学功能这一假定,采用随机森林算法构建了蛋白质复合物功能预测系统.在该系统中,蛋白质复合物被模拟为具有点和线组成的图形.基于图论,蛋白质复合物的拓扑结构描述符被计算,并且被用于表征蛋白质复合物.采用随机森林算法和一对其余策略构建蛋白质复合物功能预测模型.基于训练集和预测集的结果表明构建的模型具有优良的泛化性能.