目的：分析探讨不同治疗方法在海军部队人员功能性消化不良的治疗效果及临床意义。方法：我院2007年6月至2011年12月通过对军海部队11520人进行问卷调查,筛选并临床诊断功能性消化不良患者3084例,采用分层抽样法随机抽取五组样本数为50例随机样本,A组给予常规抑酸联合促胃肠动力治疗,B组给予单纯抗抑郁焦虑治疗,C组根据辩证分型行中药治疗,D组行非药物治疗,E组给予安慰剂治疗.分析比较不同治疗方法在不同治疗时间段临床疗效。结果：析因实验方差分析不同治疗方法、不同治疗时间因素间均存在显著性差异，F=184.970、167.597，P=0.000;同时治疗方法-治疗时间因素间存在显著性的交互效应，F=10.510、P=0.000，说明具有统计学意义。结论：不同治疗方法对海军部队人员功能性消化不良均有不同程度临床疗效，其中常规西药治疗临床症状缓解时间间隔及总体治疗效果优于其余治疗方法，应结合具体需要及特点，合理制定治疗方案。