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山白树(Sinowilsonia henryi Hemsi.)为金缕梅科(Hamamelidaceae)山白树属(Sinowilsonia)落叶乔木,是我国特有植物,仅分布于陕西、山西、河南、甘肃、湖北及重庆等地,具有重要的科学研究价值、经济价值和生态保护价值。目前其野生种群稀少,濒临灭绝,已被列为国家Ⅱ级重点保护植物和陕西省第一批保护物种。本研究应用简单重复间序列(ISSR)分子标记对山白树进行群体遗传分析,旨在揭示山白树的遗传多样性水平和遗传分化程度,并据此分析其濒危原因,揭示其进化潜力,为科学合理地保护和利用山白树资源提供理论依据和技术支持。本研究从100条ISSR引物中筛选出15条引物对14个山白树自然居群的214个样品进行了群体遗传分析,结果表明:山白树在物种水平上的遗传多样性丰富,共扩增出178个清晰、稳定的位点,其中多态性位点129个,多态位点百分率(PPL)为72.47%,Nei’s遗传多样性指数(He)为0.2449,Shannon信息指数(I)为0.3690;山白树在居群水平上的遗传多样性较低(PPL=26.73%,He=0.1025,I=0.1480);AMOVA分析表明山白树居群间存在较为显著的遗传分化(GST=0.5857),居群间的基因流低(NM=0.3537);各居群间地理距离与遗传距离的相关性分析(Mantel Test)表明,地理距离与遗传距离之间呈显著性正相关(r=0.688,p<0.01);聚类分析和主相关性分析表明,山白树14自然居群可分为秦岭中西段、秦岭东段-中条山、巴山地区及长江以南4个地理单元。综合山白树生态调查结果及生殖生物学特征,我们认为山白树独特的遗传结构是地理隔离以及生境片段化共同影响的结果,该物种尚具有丰富的遗传多样性和较强的进化潜能,其目前的濒危现状主要是人类活动对其生境的破坏造成的。基于山白树的遗传多样性和遗传结构,我们提出了以就地保护为主的保护策略。