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长荡湖水生植被和水环境调查结果表明：挺水植物主要分布在离沿岸0 ～200 m范围内；浮叶植物和漂浮植物在长荡湖西岸和东岸占优势，南部亦有分布；沉水植物主要分布于南部湖区。与上世纪80年代相比较，水生植物的分布面积锐减，种类减少，优势种发生变化；全湖水生植被总覆盖度小于60％，沉水植被覆盖度不到30％；沉水植被种类由9种(1984)减少至5种(2013)；优势种由微齿眼子菜变为金鱼藻。水生植被分布区与裸水面光合有效辐射(PAR)、氮、磷和叶绿素a浓度差异明显。建议在长荡湖设置前置库、引种先锋物种，同时加强水生植物的管理。