牦牛是分布于青藏高原海拔3000-5500m,对高寒、缺氧、枯草期和冰封期等极端生态环境具有极强适应能力的特有畜种.动物线粒体DNA(mtDNA)具有结构简单、多拷贝、无重组、进化速度快、母系遗传、易扩增等优点,已成为分子进化研究中的好材料.本研究以西藏自治区的巴青牦牛、工布江达牦牛、江达牦牛、嘉黎牦牛、康布牦牛、帕里牦牛、斯布牦牛、桑日牦牛、桑桑牦牛、错那牦牛、丁青牦牛、类乌齐牦牛、隆子牦牛、聂荣牦牛、日多牦牛、仲巴牦牛等16个类群378个个体为研究对象,采用DNA测序技术测定了牦牛mtDNA COⅢ全序列,旨在分析西藏牦牛的遗传多样性,探讨西藏牦牛类群间的亲缘关系和遗传分化,为西藏牦牛遗传多样性评估及遗传资源保护和利用提供理论依据.结果表明:(1)西藏牦牛mtDNA COⅢ长度均为781bp，个体间无序列长度差异。T,C,A,G等4种核普酸的平均比例分别为29.2％(29.1%～29.6%)、29.4%(29.1%～29.6%)、26.1%(25.9%～26.6%),15.2%（14.9%～15.5%)，其中AT含量(55.3%)高于GC含量(44.6%)，表现出一定的碱基偏好性。根据西藏16个牦牛类群间的平均遗传距离,分别用NJ法和UPGMA法构建了类群间的系统进化树，结果均表明，西藏16个牦牛类群可分为两类,丁青牦牛为一类,其余15个类群为一类。