太湖隶属于江苏、浙江、上海、安徽三省一市的跨界湖泊，太湖流域自然条件优越，工业发达。常年的经济发展带来的是流域性生态退化和环境污染，特别是当前的环境管理体制下，太湖污染的治理涉及多个区域和部门，责任不清，导致污染物大肆排放，最终污染物超过了湖体的环境容量。条块分割造成“多头治水”的体制问题，已经成为太湖生态治理的瓶颈所在。本文从太湖流域跨省界水质情况和近年来持续不断苏浙跨界水污染纠纷的案例出发，以嘉兴为例，重点分析了嘉兴市出入境水质以及与上游江苏地区的跨界水污纠纷和解决机制。最后从以下几个方面提出具体对策和措施：(1)打破现行区域管理体制，实行流域综合管理；(2)完善相关法律规章制度，加强执法能力建设；(3)建立良好的信息协调共享机制；(4)扩大信息公开制度和公众参与制度。