目的：研究北京地区2008—2009年沙门菌流行特征及PFGE分子分型，建立北京市沙门菌PFGE分子分型数据库，用于由沙门菌引起的暴发疫情的溯源。 方法：对2008—2009年通过WHO全球沙门菌监测系统及北京市肠道门诊监测系统分离到的137株沙门菌，进行生化鉴定、血清分型和相关流行病学分析：利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)，进行分子分型。 结果：北京市2008—2009年沙门菌的流行具有明显季节性，6～9月高发：患者年龄多为18～40岁；男性高于女性，2008年和2009年的男女比例分别为1.77:1，1.41:1。137株沙门菌，分属于20种血清型，其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势菌型，分别占46.7％和17.5％。137株菌有71种PFGE带型，其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌都分别有16种PFGE型别。肠炎沙门菌的4种PFGE型别(JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0019)和鼠伤寒沙门菌的JPXX01.CN0001为优势分子型别。 结论：北京市沙门菌的PFGE型别较多，呈现多样性。除肠炎沙门菌PFGE分子分型有一定的聚集性外，其它血清型的PFGE型别高度散发，带型之间遗传相似度在20％～90％不等。北京存在着差异明显的多个克隆系，时间及地域分布均无明显规律，因此需要充分利用PFGE的技术优势，系统的开展沙门菌的分子流行病学监测。