长期以来，很多人对于认知语言学和中医的科学性提出质疑，甚至称他们为伪科学，质疑的理由无非就是：一是虽然认知语言学和中医对于语言和生理病理的解释力较强，但无法证伪；二是不符合现代科学的逻辑实证主义精神，不能采取还原论的研究方法。从认识论哲学的视角来讲，认知语言学和中医学的哲学基础和研究方法有很多相同之处。通过对两者的哲学基础和研究方法进行比较，我们发现两者都有共同的体验哲学和经验主义的哲学基础，研究方法和还原论的方法不同，都采取整体论和系统论的方法，都注重从功能的角度开展研究，如认知语言学和中医目前都采用"黑箱法"的研究方法。两者不仅不是伪科学，而且都与人类的认知相关，两个学科的发展存在跨学科之处，认知语言学的研究成果也可以被用来解释中医的语言现象，利用认知语言学的某些理论可以对中医实践进行解释，这个跨学科地带值得学界进一步研究。