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目前,国际上公认和普遍采用的原核生物分类系统是根据16S rRNA序列同源性建立的系统发育体系。在当前的分类系统中,高等级分类阶元的界定尚无明确标准,主要依据其能否在16S rRNA系统发育树中形成独立分枝。然而随着新物种的发现及研究的深入,仅根据16S rRNA系统发育分析结果,当前细菌域多个高等级分类阶元间的关系无法准确界定。