细菌聚类新方法一ddT聚类技术分析香根草联合固氮菌多样性

来源 :第十八届全国生物固氮学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:sa753159
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利用高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳技术。采用新型遗传分析仪Li-COR 4300L,结合测序的双脱氧链终止法原理,建立了基于16S rDNA序列T碱基分布特征的一种新的细菌多样性聚类技术(ddT聚类技术)。应用该新的ddT聚类技术首次对分离自香根草的47株联合固氮菌多样性进行了聚类分析,获得了6个不同的主要类群,表明香根草联合固氮菌具有较大的遗传资源多样性。应用SDS-PAGE全细胞蛋白质电泳和DNA指纹图谱方法对该聚类结果进行验证,证明该新聚类技术可以应用于细菌的多样性聚类分析。16S rDNA序列测定和系统发育分析表明,供试的联合固氮菌分别与γ-变形杆菌纲(γ-proteobacteria)的阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、Enterobacterludwigii、Pantoea ananatis、恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)、荧光假单胞菌(Pseudomonasfluorescens)和β-变形杆菌(β-proteobacteria)的中型假食酸菌(Pseudacidovoraxintermedius)、Mitsuaria chitosanitabida、越南伯克氏菌(Burkholderia vietnomiensis)、佛莱辛草螺菌(Herbaspirillum frisingense)亲缘关系相近,其中肠杆菌属、泛菌属、伯克氏菌属是香根草联合固氮菌的优势菌群。
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