【摘 要】
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拷贝数变异(copy number variation,CNV)是由于基因组序列发生重排而导致的、长度从几百bp到几Mb的基因组片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失和重复.C
【机 构】
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复旦大学生命科学学院现代人类学教育部重点实验室,上海200433;复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室,上海200433复旦大学附属儿科医院神经内科,上海201102
【出 处】
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遗传学与表观遗传学前沿暨第三届中国青年遗传学家论坛
论文部分内容阅读
拷贝数变异(copy number variation,CNV)是由于基因组序列发生重排而导致的、长度从几百bp到几Mb的基因组片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失和重复.CNV位点的突变率和基因组覆盖率远高于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),是人类疾病的重要致病因素之一.小儿失语癫痫(Landau-Kleffner syndrome,LKS； MIM 245570)又名获得性失语癫痫(acquired epileptic aphasia),是一种罕见的,以严重的语言障碍和睡眠中癫痫样脑电图为表型的小儿神经系统疾病.LKS与1957年被发现,半个多世纪以来,它的遗传性致病原因尚未被清晰阐明.我们的目的是利用现阶段最为可靠的CNV研究手段——基于芯片的比较基因组杂交(array-based comparative genomic hybridization,aCGH)技术在核心家系及散发病例中寻找和小儿失语癫痫LKS相关联的罕见CNV及因此而观察到的致病候选基因.我们收集了20例LKS患者,其中9例患者有核心家系样本.然后我们使用1M或400K规格的CGH芯片对他们的DNA样本进行了全基因组扫描.在和基因组变异数据库(database of genomic variant,DGV)中收录的人类常见CNV多态进行过比较以后,我们一共得到了58个罕见的和基因有重叠的CNV,包括37个缺失突变和21个重复突变,其中有7个新发生的突变以及5个重复出现的突变.尽管LKS表现出了高度的遗传异质性,仍有一些CNV处在相同的区域或是影响了相同的基因.举例来说,CYP2C基因簇被重复出现的缺失突变影响到；而ERC1基因区域出现了复杂的重复突变,已经有多篇论文报道此基因的缺失突变和小儿言语失用症(childhood apraxia of speech,CAS)联系密切.此外,我们还用Ingenuity Pathway Analysis软件对我们所找到的候选基因之间的相互作用进行了研究并分析了它们的生物功能,发现这些基因富集在神经系统疾病代谢通路(P＜0.05).我们的研究提示了罕见CNV在LKS病因中的重要作用,并突出了LKS和其他神经系统性疾病如癫痫和语言障碍之间的内在联系.
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