随着RNA干扰、miRNA和其它新功能非编码RNA的发现,RNA研究受到空前的重视.细胞内RNA众多功能的发挥,如mRNA剪接、tRNA转运、以及蛋白质的翻译调控等,都必须与一定的蛋白质形成特异性相互作用才能实现.蛋白质-RNA专一性识别与相互作用研究具有重要的科学及现实意义.分子对接是预测蛋白质-RNA相互作用的有效方法,目前如何构建打分函数来筛选近天然结构是极具挑战性的课题. 本研究构建了一个非冗余非核糖体的蛋白质-RNA相互作用数据库，其中包含252个界面。在此基础上发展了一个考虑复合物功能类型及蛋白质和RNA二级结构信息的氨基酸一核营酸成对偏好势。该统计势具有60×8的矩阵形式，即60×8氨基酸-核苷酸成对偏好势。其近天然结构筛选成功率为65.5％，比Pérez-Cano小组获得的统计势模型的成功率提高了23.1%。RNA和蛋白质二级结构的考虑分别贡献了13.5%和2.9%，说明是RNA的二级结构对分子识别起到了重要作用，而对蛋白来说，是序列而非二级结构。 为了进一步提高蛋白质-RNA分子对接中近天然结构筛选的成功率，在60×8氨基酸-核苷酸成对偏好势模型的基础上又考虑了分子间静电和范德华相互作用的影响，发展了一种新的非核糖体蛋白质-RNA复合物近天然结构的筛选方法。测试结果表明，该方法的成功率比60×8氨基酸-核苷酸成对偏好势的成功率又有9.0%的提高。所建立的氨基酸-核苷酸成对偏好势以及组合打分有助于对蛋白质-RNA识别机制的理解，同时对复合物结构成功预测及分子改造和药物设计具有重要意义。