Tn916 N-端域(Tn916 N-terminal domain,INT-DBD)通过采用三条反平行的β-折叠与DNA的大沟结合。由于带强负电荷的DNA直接和蛋白质的带正电荷残基(如Arg,Lys)作用,因此可认为静电作用对于蛋白质和DNA复合体系的稳定性起到非常重要的作用。为了正确地计算蛋白质和DNA的静电作用,在分子动力学模拟时采用基于量子的极化蛋白质特异性电荷(polarized protein-specific charge,PPC)和极化的核酸特异性电荷(polarized nucleic acid-specific charge,PNC)。研究结果表明,极化效应有助于蛋白质和DNA体系的构象稳定,计算得到的包结自由能和以往的实验结果更加吻合；且通过计算得到热点残基的氢键占有率和相应残基的突变能有更好的正相关性,这表明特定残基对自由能的贡献和其形成的氢键强度存在正的相关关系。