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在形态分类的基础上，对小孢根霉组的１３株菌，匍枝根霉组的２株菌，和少根根霉组的１株菌的核糖体ＤＮＡ转录间区进行了序列测定。小孢根霉组内一致性很好，与另外两组差异较大，表明ＩＴＳ段序列可以作为根霉属分组的依据。同组内种间差异较明显，可以作为分种的依据。变种内株间的一致性虽然很好，变种间则差异不明显，不宜作为划分变种的依据。