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传统的生物序列比较方法通常不对序列元素的相对位置做约束，本文则提出了一种在位置约束条件下进行生物序列比较的新方法。理论分析表明该方法所需的绝对计算量可减少1/3至2/3左右，计算机仿真说明了新方法比传统方法实际上可减少1/4到2/5左右的计算时间。本文还讨论了在位置约束条件下构造生物序列的距离度量问题，并得到了一些有意义的结果。