中医学具有数千年悠久历史，中医整体性、个体化的诊疗特色是长期医疗实践的结晶。当前医学生命科学体现出了从还原到系统的趋势，系统生物学、网络生物学、网络药理学等交叉学科随之兴起，这为理解传统中医学的科学内涵带来了新的契机。本课题组的研究旨在建立中医药网络生物学与网络药理学方法，诠释中医学辨证论治、方剂等核心概念的生物学基础。通过十余年的探索，我们建立了一套"表型网络-分子网络-药物网络"的整体性研究框架与系列方法，在病证表型相关基因预测、中药成分的靶标预测上达到很到的准确率，进而以病证分子网络为靶标，能够发现对病证分子网络起到调节作用的中药方剂药效物质。以上方法在中医寒热证的网络生物标志、寒热方剂的网络靶标、药效物质发现、疗效机理分析等方面取得了有意义的结果。我们研究表明，网络生物学、网络药理学方法在中医药现代研究中具有广阔前景，该方面的理论、方法与应用研究将有助于进一步推动中医药现代化，并促进中西医学的沟通与发展。