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鸡传染性法氏囊病是由鸡传染性法氏囊病病毒引起雏鸡的急性、高度接触性、溶淋巴细胞性的传染病，给养鸡业带来很大的经济损失。本研究首次对12年来我国南方部分省区流行的IBDV毒株进行了全面的分子流行病学分析，获得了有关IBDV流行株发生分子变化的重要的分子流行病学数据，将为临床上IBD的有效防制，特别是新型疫苗的研制提供重要的依据。研究根据IBDV全基因组序列设计出一对针对B节段的VP1-b(767bp)片段的引物，通过RT-PCR技术对2000～2012年期间分离到的91株IBDV野毒株进行了VP1-b的扩增和测序，并与本课题组己有的关于分离株的基于A片段的VP2高变区(vVP2)的序列分析结果进行比较。结果表明，我国南方部分省区近12年来流行的IBDV以不同形式的基因重排病毒为主。根据基因分型结果，筛选出NN040124,NN1005,BH11,JS7,NN1005,YL052和NN1172等7株基因型代表株，通过分段扩增和测序获得了7个代表株和1个疫苗株的A节段(64bp-3171bp)和B节段(12bp-2805bp)的序列。分析发现，分离株BH11,JS7,NN1005和NN1172在A节段中具有与参考vvIBDV类似的特征性氨基酸位点;而NN040124,YL052和GD10111在该区域既具有与参考vvIBDV类似的特征性氨基酸位点，又具有与参考弱毒株类似的位点;此外，7个分离株均具有数量不一的、参考株没有的特异性氨基酸位点序列，但这些位点均不在A节段和B节段的功能区上，表明，目前流行的IBDV仍然处于不断的进化中。基于A节段和B节段的同源性分析和遗传进化分析比较表明，BH11等7个分离株均为节段重排病毒，结果与基于VP1-b和vVP2的分析结果基本一致，但在具体的重排方式上，一些毒株的A和B节段的分析结果与基于部分片段的结果不完全一致，很可能是由于片段内发生了同源重组。