蛋白质组学方法是直接观察组织细胞中所有蛋白表达状态的高通量研究方法.通过比较在不同病理、生理状态下、不同外因刺激下细胞、组织蛋白的表达图谱，可能发现与特定生命现象相关的蛋白质.本文中应用这一方法分析了食管癌组织与配对的癌旁组织间差异表达的蛋白.肿瘤细胞或癌旁食管上皮细胞通过显微切割方式从组织冰冻切片中获得，提取其总蛋白进行二维电泳.电泳胶被银染显色，应用Imagemarster 2-D Elite软件对获得的蛋白图谱加以分析，寻找癌与癌旁组织差异表达的蛋白，最后用质谱技术测定目的蛋白的肽质指纹谱.本研究共分析了34例食管癌及其配对的癌旁组织，发现并鉴定了29个差异表达的蛋白.其中9个在食管癌组织表达上调，包括HSP27、MHCⅠ等；20个在癌旁组织中高表达，如膜联蛋白(annexin)Ⅰ、膜联蛋白Ⅴ等.根据已有的资料提示，这些蛋白分别与细胞增殖、细胞凋亡、免疫反应、转录调控等相关.以上结果表明蛋白质组学方法将会在肿瘤发生、发展机理的研究方面发挥重要作用，通过这种方法鉴定的肿瘤异常表达蛋白可能成为肿瘤诊断及预后判断的标志物.