小麦赤霉病是一种由禾谷镰刀菌引起的严重的穗部病害,不仅导致小麦减产,而且它产生的多种真菌毒素也严重影响小麦品质。虽然已有很多关于小麦赤霉病的研究报道,但小麦抗感赤霉菌的分子机制尚未完全研究清楚。本研究以小麦赤霉病抗感近等基因系Apogee73S2和Apogee为材料,通过高通量的Solxa测序结合生物信息学,获得了接菌与对照条件下小麦颖壳的转录组数据。与对照相比,Apogee73S2在接菌后有2571个基因表达上调,3620个基因表达下调；而在感病材料Apogee中,上调表达的基因有1867个,下调表达的有1773个。这些被诱导表达的基因与防御功能密切相关,主要参与解毒、转运、氧化应激、信号转导、以及次级代谢反应等。通过qRT-PCR对筛选的32个基因进行接菌后不同时间点的表达分析,发现有11个与防御相关的基因在感抗近等基因系中表达水平存在明显差异。生物信息学分析发现有3个转录本仅在抗病材料Apogee73S2中表达。在这三个转录本中,氧化酶基因和糖基转移酶基因在接菌后显著上调,这些特异表达的基因可能对抵抗赤霉病起到重要作用。此外,我们也对JA和SA介导的抗病信号途径进行了研究。发现JA合成途径的关键酶AOS在Apogee73S2中被诱导的幅度明显高于Apogee,而在SA途径中起核心作用的NPR1和EDS1基因在接菌后并未发生显著变化。同时,可被SA诱导但受到JA抑制的查尔酮合酶基因在抗感近等基因系中都被下调表达。结果显示,相对于SA,JA在应对赤霉菌方面所起的作用更为重要。