【摘 要】
：
采用AFLP标记和线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列片段分析技术研究半滑舌鳎群体遗传多样性.采用5对选择性引物对半滑舌鳎黄海、渤海野生群体和人工养殖群体进行了AFLP分析,共扩增出315个位点,黄海、渤海、养殖群体的多态位点比例为49.8﹪、44.5﹪、40.2﹪,Shannon多样性指数在0.0978-0.1367之间,预期杂合度在0.0577-0.0879之间.结果表明,黄1海群体的遗传多样
【机 构】
：
农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,黄海水产研究所,青岛,266071;中国海洋大学水产学院,青岛,266003
【出 处】
：
国家“863”计划资源环境技术领域第三届海洋生物高技术论坛
论文部分内容阅读
采用AFLP标记和线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列片段分析技术研究半滑舌鳎群体遗传多样性.采用5对选择性引物对半滑舌鳎黄海、渤海野生群体和人工养殖群体进行了AFLP分析,共扩增出315个位点,黄海、渤海、养殖群体的多态位点比例为49.8﹪、44.5﹪、40.2﹪,Shannon多样性指数在0.0978-0.1367之间,预期杂合度在0.0577-0.0879之间.结果表明,黄1海群体的遗传多样性高于渤海群体,养殖群体的遗传遗传多样性最低.利用Shannon多样性指数和基因分化系数进行遗传变异来源估算,表明群体遗传分化很小.对黄海、渤海野生群体共38个个体线粒体细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行了分析,共检测出5种单倍型,渤海群体内个体序列完全相同,共享单倍型H1;在黄海群体中除检测到单倍型H1外,还检测到其余四种单倍型.Cytb序列分析结果表明,黄海群体遗传多样性较渤海群体丰富,个体间序列变异很小,个体间核苷酸差异数在0-1之间.根据Cytb基因的部分序列和现代渤海形成的历史推测,黄海一部分半滑舌鳎群体在10000年左右进入渤海生活.
其他文献
从条斑紫菜丝状体cDNA文库中获得了FdⅠ亚单位基因并进行了生物信息学分析.结果显示该基因cDNA全长为891bp,5端存在翻译起始序列,3端存在加尾信号及茎环结构,可编码由195个氨基酸组成的蛋白质;该基因整体序列和编码区GC含量均高于基因组平均水平,并具有很强的密码子使用偏倚性,且偏向使用第三位是G或C的密码子.不同物种间蛋白质序列有一些保守区域,但整体序列仍存在较大差异.
通过构建cDNA文库及表达序列标签分析(ESTs),克隆了条斑紫菜丝状孢子体△5脂肪酸去饱和酶基因(DesC),进行了核苷酸序列测定和相关分析,由此得出了相应的氨基酸序列,并与其他物种的同源序列进行了同源性分析.结果表明:所克隆的DNA片段长度为927bp;包含氨基酸289个,其中包含行使其催化功能必须的3个保守组氨酸簇的第2、3两个;与腐霉菌(P.irregulare)、大豆疫病菌(Phytop
持续性有机污染物(POPs)因其在环境中分布广泛且性质稳定难以被降解,给人类健康带来极大的威胁.多环芳烃(PAHs)是重要的持续性有机污染物,本文主要介绍了PAHs的生物修复及其降解基因的克隆和应用,为我国POPs污染的去除和控制提供一些思路.
采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法,从日本鳗鲡(Anguillajaponica)头肾组织、性腺和脑垂体总RNA中扩增出编码一氧化氮合酶(Nitricoxidesynthase,NOS)钙调蛋白(CaM)结合区基因cDNA片段,克隆至大肠杆菌DH5α中.测定结果表明,编码鳗鲡nNOS的钙调蛋白结合区碱基与哺乳类动物、其它鱼类的同源性分别为:82﹪～88﹪、85﹪～93﹪;推测的氨基酸序
采用差速和蔗糖密度梯度离心法,分离纯化栉孔扇贝(Chlamysfarreri)急性病毒性坏死症病毒(AcuteVirusNecrobioticVirus,AVNV).用Trizol试剂抽提病毒RNA,采用随机引物和Oligo(dT)双引物法,SuperScriptⅡ反转录酶合成cDNA,并克隆于pUC118质粒上,利用蓝白斑筛选阳性克隆子,PCR法快速鉴定重组质粒.经筛选得到2个阳性克隆23＃、5
文昌鱼在脊椎动物起源与进化研究中占居重要地位.尽管国外已构建了佛罗里达文昌鱼的BAC文库,考虑到我国产的白氏文昌鱼与该物种有较大的遗传差异,我们构建了产自厦门的白氏文昌鱼基因组BAC文库.该BAC文库共有45312个克隆,从中随机抽取了318个克隆经NotⅠ酶切和脉冲场电泳分析结果表明,文库的平均插入片段大小120kb,以文昌鱼基因组大小为400Mb计算,文库的覆盖度达12X,理论上从该文库中筛得
本文对遗传背景清晰且具有显著表型差异的海带6个栽培品系和长海带的ITS序列进行了PCR扩增和序列测定,并分析了8个种17个品系海带之间的系统进化关系。研究结果揭示了我国海域栽培的长海带与日本海带为同一个种。
天然免疫系统通过一系列高度保守的模式识别受体识别病原体相关分子模式.肽聚糖识别蛋白(peptidoglycanrecognitionproteins,PGRP)作为一种模式识别蛋白,可识别肽聚糖和含肽聚糖的细菌,从昆虫到人类均高度保守,在天然免疫和获得性免疫应答中发挥重要的识别和调节功能.通过EST技术,从海湾扇贝中克隆得到一种PGRP基因的全长cDNA.BLASTx分析的结果显示它和昆虫PGRP
通过设计特异性引物对大黄鱼线粒体DNA(mtDNA)辅酶5(ND5)和细胞色素b(cytb)基因进行PCR扩增.扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后直接测序.结果得到ND5的序列1839bp和cytb基因序列382bp.应用primerpremier5和MEGA3软件包所作的系统发育分析表明:依据大黄鱼ND5序列所作的进化树总体支持传统的分类地位,大黄鱼更接近塘鳢鱼科.而基于cytb基因所作的分析表明
依据本实验室已有的条斑紫菜(Porphyrayezoensis)cDNA文库的EST分析结果,选择与紫菜抗逆性相关的超氧化物歧化酶(Superoxidedismutase,SOD)基因.对该克隆的插入片断进行测序,得一段1019bp的核苷酸序列.将其与GenBank中的序列进行比对,发现其与Mn-SOD的基因具有较高的相似性.后用DNAsis等生物软件对其进行序列分析,表明其包含一个完整的ORF,