免疫组学和反向免疫学的研究进步，使得我们能够从基因序列开始寻找疾病相关抗原、疾病相关免疫应答、可能的干预环节和干预策略甚至干预手段。在自身免疫性疾病，内源性危险信号启动了免疫应答或者说改变了免疫网络的张力和动力学，导致免疫损害。因此，认识免疫系统与“非免疫系统”的对话(Cmss-talk)机制和相互作用机理是认识自身免疫病的基础。免疫组学和反向免疫学是从免疫组-疾病抗原组相互作用的角度认识、研究这一问题的。基于此，可以寻找疾病相关基因(抗原)、确定抗原表位、表位特异性应答与疾病的发生、发展的关系、可能的干预环节。反向免疫学则为基于自身抗原的负调疫苗提供了有力手段。从基因序列开始，可以很快确定结构功能关系，设计、筛选候选疫苗或药物结构，以更快的速度进入临床试验和实用阶段。