由于地区性或全球性的环境变迁导致了海洋生物多样性的衰减，主要原因不外乎栖地破坏、外来种引入、海洋污染、过度和非法捕捞及误捕、全球气候变迁等，以上因素便是造成今天地球上海洋生物多样性快速消失，渔业资源急剧衰退的主因.台湾附近海域生态也不断遭受以上种种问题及挑战，如何遏止目前日益恶化之海洋生态环境，如何拯救台湾海洋生物多样性，其可能的因应之道如何？是目前重要之课题与任务.海水之污染系导自人口之增加、工业废水、都市家庭废水、农、渔、畜牧业废水之排放及人造核种之逸散等.上述各种污染物质经由径流、沟渠、小溪及河川等途径，最后排放至海洋，因此海洋逐渐成为陆上各种污染物质最后之贮存库；这些污染物质存在于海水中之浓度纵使受到稀释作用而降低，但是经由食物链及生物之累积及浓缩等作用，会使得这些污染物质在生物体中之浓度增加数个量级之多，一旦这些海中生物被人类食用时，则将严重危害人类之健康，甚至危及生命，因此海洋污染问题绝不容忽视；国内外海洋污染之事件不胜枚举，时有所闻，例如1953～1960年间日本水俣湾(Minamata Bay)遭致汞污染而引起水俣病，并造成多人死亡及病发事件.1986年位在台南市及高雄县界之二仁溪畔，由于燃烧废电缆线，酸洗废五金，而造成空气中戴奥辛及水体中重金属之严重污染，进而爆发附近海域之绿牡蛎事件，一时间使国人闻蚵色变，至今余悸犹存.本文综合报导近四十年来台湾沿岸海域环境质量之研究，及其所发生的重大事故，例如海水低温与鱼类死亡事件，海水高温与鱼类死亡事件，核电厂温排水及全球海水异常高温导致珊瑚白化、死亡事件，核电厂温排水导致畸形鱼事件，大鹏湾及马祖海域藻华事件，龙坑保护区船难油污染事件、废五金回收污染导致绿牡蛎事件，以及有机锡污染导致贝类性变异现象等回顾及其处理情形.