【摘 要】
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背景 目前有四种基因序列常用于分枝杆菌菌种鉴定,分别为16S rDNA、16s-23s rRNA间区(ITS)、hsp65和rpoB基因.四种基因序列中唯有rpoB基因数据信息不够完整,尚未建立专门的序列分析数据库.目的 建立针对rpoB基因的数据库,提高rpoB基因用于分枝杆菌菌种鉴定的方便性和准确性.方法 利用来自北京胸科医院保存的66种分枝杆菌标准株和300株已知菌种名称的临床分离分枝杆菌
【出 处】
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中华医学会结核病学分会2012年学术大会
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背景 目前有四种基因序列常用于分枝杆菌菌种鉴定,分别为16S rDNA、16s-23s rRNA间区(ITS)、hsp65和rpoB基因.四种基因序列中唯有rpoB基因数据信息不够完整,尚未建立专门的序列分析数据库.目的 建立针对rpoB基因的数据库,提高rpoB基因用于分枝杆菌菌种鉴定的方便性和准确性.方法 利用来自北京胸科医院保存的66种分枝杆菌标准株和300株已知菌种名称的临床分离分枝杆菌,双向测序获得rpoB基因序列；此外通过GeneBank检索另外90种分枝杆菌数据补齐全部156种分枝杆菌的rpoB基因序列数据库；利用一株诺卡氏菌作为根,绘制分枝杆菌属rpoB基因的系统进化树,计算细菌之间的相似度,并编写基于rpoB基因的分枝杆菌菌种鉴定软件.结果 绘制了目前已发表了ropB基因的全部156种分枝杆菌的系统进化树;构建了包括rpoB基因分枝杆菌种间数据和种内数据的数据库；通过计算其相似度,开发基于rpoB基因的分枝杆菌菌种鉴定程序软件.结论 基于rpoB基因的分枝杆菌菌种鉴定程序软件包括了不同菌种分枝杆菌的所有已知rpoB基因序列数据,同时兼顾了多种分枝杆菌的种内变异,是一款比较全面的rpoB基因序列分析数据库,但是实用性仍有待多中心临床验证.
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