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本文对产自新疆阿尔泰地区4个居群的一种虫草ITS和18S序列进行测序，结合GenBank中相关类群的序列，分析新疆一种虫草ITS和18S序列特征。并构建ITS序列分子系统树，旨在探讨新疆虫草的分类地位。结果发现，新疆一种虫草ITS序列全长508～510bp，GC含量65.2～65.97％，表现出明显的CC偏向性，且ITS1区和ITS2区均达70％以上。ITS分子系统树分析显示，新疆一种虫草与细虫草能很好的聚为一支，同源性最高。新疆一种虫草18S序列含有其独特的内含子区，与其他虫草差异很大，而与细虫草内含子几乎完全一样，近一步说明新疆虫草与细虫草具有极高的近缘关系。研究表明，新疆一种虫草虽其形态与细虫草有一定的差异，但仍应归属于细虫草。ITS和18S序列特征说明，新疆一种虫草是虫草菌在干旱气候条件下侵染蝙蝠蛾幼虫，经过长期自然选择形成的一种特殊复合体，在进化上拥有其独特的遗传分化。