茄子种间高密度遗传图谱构建及重要农艺性状QTL定位分析

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茄子(Solanum melongena)的栽培种和野生种具有十分丰富的生物多样性和广泛的地理分布,在生长习性、抗病抗逆、果实形状和颜色上存在丰富的变异。利用种间杂交群体开展茄子重要农艺性状的QTL定位分析,将为茄子重要农艺性状的精细定位和候选基因挖掘提供重要参考,同时还可开发与性状紧密连锁的分子标记,辅助重要农艺性状的分子育种。本研究的母本材料为S. linnaeanum 1809纯合自交系,母本全株均有刺,果实小,圆球形带花纹,植株高大,叶缘波纹状;父本是茄子栽培种S. melongena 1836,是育种骨干纯合自交系材料,果实紫色,无刺,长果全紫色,叶无裂刻。统计121株种间F2单株的性状数据,主要包括主干高度、果实长度、果实横径、果形指数、叶裂刻、叶刺数量、叶刺颜色和叶脉颜色等8个性状;简化基因组测序(SLAF-seq)开发SNP标记,利用Joinmap v5.0软件回归算法构建连锁群,Rqtl软件复合区间作图法检测QTL位点。亲本重测序及F2简化基因组测序共获得111.74G数据,构建了一张包含2122个SNP标记的高密度遗传图谱,包含12条连锁群,连锁群总长度为1 530.75 cM,标记间平均距离为0.72 cM;一共检测到17个QTL位点,分布在9条连锁群上,贡献率在4.08%~55.23%之间,每个QTL位点包含2~11个不等的SNP标记,QTL区间大小在0.15~10.53 cM之间。检测到与主杆高度相关QTL位点1个(msh5.1);与果实性状相关QTL位点10个,其中与果长相关QTL位点4个(fl1.1、fl5.1、fl7.1、fl12.1),果径相关QTL位点4个(fd3.1、fd3.2、fd11.1、fd11.2),果形指数相关QTL位点2个(fs1.1、fs3.1);与叶片裂刻、叶刺数量、叶刺颜色及叶脉颜色相关QTL位点6个,其中叶刺颜色和叶脉颜色性状相关系数达到0.84,检测到同一个主效QTL位点控制两个性状,位于10号连锁群79.02~80.14区域,平均贡献率达到44.53%。
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