基于网络数据库资源的家蚕BmColⅣα1基因克隆和分析

来源 :中国蚕学会第六届青年学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jodan2008tw
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线虫emb-9基因和let-2基因分别编码Ⅳ型胶原蛋白质(ColⅣ)α1链和α2链,两者的Gly-X-Y重复区域氨基酸残基的突变能引起胚胎期温敏性致死。本文利用网络公共数据库资源,结合RACE技术和生物信息学方法,从家蚕克隆和分析了线虫let-2基因的同源基因(BmColⅣα1)。BmCol Ⅳα1基因全长6583 bp(Genbank:EU183410),含4个外显子,cDNA全长3847bp(Genbank登录号: EU183409),最大ORF 2460 bp(694nt-3153nt),编码820个氨基酸残基,理论分子量82.1K,等电点6.43。BmColⅣα1蛋白质有2个胶原蛋白保守区和9个PFAM结构域,跨膜区域分析和亚细胞定位分析显示为细胞外分泌型蛋白质。基因电子表达谱分析结果表明,BmColⅣα1基因在家蚕脂肪体、卵巢、精巢、血细胞、翅原基、上颌骨突起物、滤泡细胞、复眼、大脑等组织中均有表达,以脂肪体和血细胞中表达量最大。蛋白质同源性分析和分子进化分析结果,BmColⅣα1与果蝇、蜜蜂和冈比亚按蚊中的ColⅣα1亲缘关系最近,所以命名为Ⅳ型胶原α1链基因(BmColⅣα1)。从家蚕胚胎温敏性致死系统(sch)蚕卵中克隆的BmColⅣα1基因存在8个SNP位点,分别为T242A、T279A、T556C、C675T、T1343C、A1463G、T1574C和K2014T,其中5个SNP位点引起氨基酸的改变,分别为L81Q、S186P、L448S、Q488R、V525A和G672W,分子建模分析结果,其中L81Q、S186P、L448S、Q488R和V525A5个氨基酸残基突变位于蛋白质的4个三倍螺旋重复片段,G672W位氨基酸残基位于蛋白质核心域序列。
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