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目的：本研究旨在分析青藏高原细粒棘球蚴的种群遗传结构,为细粒棘球蚴病的防控提供基础资料。方法：对采自青藏高原来自不同地区(青海、西藏、四川)不同宿主(人、绵羊、牛)的58株细粒棘球蚴进行了线粒体12S基因的全序列测序，结合已报道的青海地区42个细粒棘球蚴绵羊株的12S全序列进行种群遗传结构分析(延宁等,2012)。结果：本次研究56个分离株鉴定为基因型G1-G3；98个青藏高原地区分离株12S序列包含15个核苷酸变异位点，共检测出13个单倍型(ES1-ES13)，单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.381、0.00092.三个种群中，四川种群的核苷酸多样性最高(0.001353)，种内遗传距离最大(0.00135)。分子变异分析(AMOVA)显示，种群内的遗传变异大于种群间的遗传变异。构建单倍型NJ树和贝叶斯树显示，ES10和ES11形成一个有别于其他单倍型的单倍型类群。单倍型网络显示，单倍型ES1是优势单倍型，其它单倍型围绕它成辐射状，未发现有地理聚类。基因流(Nm值)和遗传分化指数(FST值)显示各种群间未形成显著的遗传分化。结论：青藏高原细粒棘球绦虫的基因型为G1-G3型；青藏高原细粒棘球绦虫种群内及种群间都存遗传多样性，其中四川种群的遗传变异性最大；青藏高原细粒棘球绦虫种群内变异是种群变异的主要来源；种群未形成地理聚类,遗传分化不明显。