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基因工程菌可以生产大量有价值的外源活性蛋白质，所表述的产物大多在胞内以包涵体形式存在。其胞内的包涵体的大小和多少是基因工程菌表达外源蛋白质的直接反映。为此，研究人员研究出了一种简便、快速检测胞内包涵体的方法。首先用革兰氏染色等５种常规染色法处理基因工程菌和非表达菌，结果几乎没有差别。据包涵体的成分分析，研究出了一套简单染色法。首先涂片，自然干燥，其次用乙醇－－甲醛混合液染数秒，最后，用１℅ＮａＯＨ处理数秒，水洗，吸干水，高倍镜镜检。用此方法可以观察到在发酵过程中，胞内包涵体变化状况。