采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术解析了处理印染废水的新一代厌氧折流板反应器(ABR)在稳定运行条件下不同隔室中的优势微生物种群结构及动态变化，结果表明：ABR反应器在不同的运行条件，不同隔室中的微生物种群结构会发生相应改变。ABR启动阶段不同隔室中微生物种群结构差异较大，其中的优势种群与Nitrosospira、Desulfobulbus和不可培养微生物同源性较高。稳定运行之后，各隔室中丰度较高的优势微生物种群数目明显增多，种群多性反映出ABR反应器的前、中、后的分相。丰度较高的优势微生物种群以不可培养微生物为主，同时还有相当数量的Aeromonas、Pseudomonas及Bacillus存在。当进水水质改变、ABR处理效果变差时，不同隔室中的微生物种群随之发生明显改变，原来占优势的不可培养微生物数量明显减少，除了Pseudomonas和Bacillus菌群外，还有一些与Burkholderia、Pseudoalteromonas和Achromobaeter同源性较高的微生物种群被富集出来。